O čudima svetog Nektarija Eginskog svedočili su mnogi njegovi savremenici i sledbenici, među kojima je bio i arhimandrit Amvrosije Fontrije.

On je napisao svečevo žitije u kojem je nabrojao neka od čuda koja su se dogodila posle njegove smrti, a kojih je, kako sam kaže, bilo toliko, da "nema papira na koji bi mogla stati".

-Bila je nedelja, dan vaskrsenja - kazuje arhimandrit Amvrosije. - Sedeli smo i razgovarali ispod eukaliptusovog drveta u manastirskom dvorištu. Iznenada se, jašući na mazgi, pojavila jedna meštanka.

Žena se zaustavila ispred nas. U rukama je nosila malu devojčicu, koju je neposredno pre toga ujela zmija. Natečeno dete je strahovito patilo. Na ostrvu nije bilo lekara, a pored svega toga, ova meštanka nije imala ni novca.

- Samo joj je Bog mogao pomoći, i ona je, uzdajući se u tu pomoć, došla kod monaha.

- Dete su položili na zemlju. Monasi su doneli mošti svetog Nektarija, stavili ih u čašu sa vodom, i dali detetu da ispije.

Ovakav lek izmamio je jednom posetiocu podrugljiv osmeh. Nešto pre toga, jedan monah se udaljio i otišao po mošti svog nebeskog zaštitnika, svetog Nektarija Eginskog.

On mi je predao ove mošti i zatražio da njima blagoslovim devojčicu. Poslušao sam ga i mahinalno udovoljio njegovoj molbi. Dete se umirilo. Bolovi su prestali, i ono je ubrzo zaspalo. Majka ga je odvela kući, i sve se srećno završilo, pišu Večernje novosti.

Ovaj monah je jednom otišao u Atinu da poseti sestru. Pripremala je čaj, i iznenada na ruku prosula čajnik sa kipućom vodom.

Zapomagala je od bolova, a on je uzeo ove iste mošti svetog Nektarija i rekao: - Gospode Bože naš, molitvama svetog Nektarija isceli moju sestru. Zatim joj je tim moštima protrljao ruku na kojoj se nalazio ogroman ljubičasti plik, rizikujući da time samo poveća bol.

Iznenada se desilo čudo Božje, i ruka je postala sasvim zdrava. Upala se smirila, i postepeno povukla, kao da je sa ruke skinuta rukavica. Iako je bila pobožna, monahova sestra nije mnogo verovala u besmrtnost duše.

On joj je tada rekao: - Tebe je iscelio sveti Nektarije. Od sada veruj u besmrtnost duše, jer u to veruje i sveti Nektarije.
Na taj način je sestra ovog poštovanog monaha istovremeno zadobila i isceljenje, i pravoslavnost sopstvene vere.

U manastir Svete Trojice je 1931. godine pristigao mladi bračni par, želeći da krsti dete koje su posvetili svetom Nektariju. Roditelji su već imali dvoje dece, koja su rođena paralizovana.

Prvo dete je još bilo živo, dok je drugo umrlo. Treće dete, koje su doveli u manastir da bi ga krstili, takođe je rođeno paralizovano. Obeshrabreni i gotovo očajni, roditelji su došli po jelej iz kandila na svetriteljskom grobu. Ovim jelejem pomazali su mlađe dete, obećavši pri tom svetom Nektariju da će ga krstiti u eginskom manastiru, i da će mu dati svetiteljsko ime. Kakvim se rečima može iskazati čudotvorna sila Božja?

Neposredno posle trećeg pogružavanja (potapanja u vodu), dete je postalo sasvim zdravo, pa se čak i danas, kao starija osoba, odlikuje krepkošću i savršenim zdravljem.

U knjizi "Zemaljski anđeo - nebeski čovek", koja izašla zalaganjem Pravoslavne misionarske škole pri hramu sv. Aleksandra Nevskog u Beogradu, navodi se i ovaj primer:

U januaru 1925. godine, jedna pobožna devojka je, sasvim neočekivano, bila obuzeta nečistim duhom.

Pri samom pominjanju svetiteljevog imena, demon je besneo, žalostio i napadao ovo siroto Božje stvorenje. Ne mogavši da podnesu stradanja svoje kćeri, roditelji su odlučili da je na dan Pedesetnice odvedu na grob svetog Nektarija, nadajući se da će tamo biti isceljena.

Kako su se približavali manastiru, demonska jarost je sve više rasla. Monahinje u manastiru bile su primorane da devojku privežu za stablo bora, koji je rastao pored groba. Zahvaljujući svetitelju, demon je napustio ovu stradalnicu, koja se zatim zamonašila i dobila ime Mitrodora.