Za razliku od Bosne i Hercegovine, sukobi između četnika i partizana u Crnoj Gori već od kraja 1941. ličili su na istragu poturica. Mihailović se u te okršaje nije mešao, a Tito je svoje pristalice u Crnoj Gori podsticao na građanski rat još decembra 1941, kada ih je hvalio:

- Sasvim ste pravilno učinili što ste spriječili formiranje bilo kakvih oružanih formacija osim partizanskih. Ubuduće treba još odlučnije istrajati na toj liniji.

Dva meseca kasnije, 10. februara 1942, Tito je štabu svog Nevesinjskog odreda naložio da "četničke organizacije kao takve ne smiju postojati na vašoj teritoriji" i da je "njihovo likvidiranje isto tako važno kao likvidiranje okupatora".

Dvanaest dana kasnije od svojih boraca u Crnoj Gori tražio je da vrše kolektivne represalije ne samo prema četnicima, već i prema labavim i kolebljivim ljudima:

- Morate obavezno strijeljati sve one koji su potpomagali četnike i bili naklonjeni njima.

- Isto tako raščistite sa labavim i kolebljivim elementima.

Naredio je i da se streljaju svi koji su s partizanske prešli na četničku stranu:

- Strijeljati masu onih koji su prešli iz partizana na stranu četnika. Posle toga strijeljanja, oni koji ostanu neće više pomisliti da tako nešto naprave...

Streljanje je, pri tom, nazvao poslom:

- Pored ovog posla, obavezno morate sprovoditi mobilizaciju ljudstva u bjelopoljskom srezu. One koji se ne bi javili - strijeljati.

Šest dana kasnije, 28. februara 1942, Tito je tražio je da se sve drži u najvećoj tajnosti, a imao je rešenje i za one koji nisu bili voljni da se bore protiv četnika:

- O razvoju događaja u Crnoj Gori ne treba nikome govoriti.

- Sve dezertere razoružati, a glavne vođe i paničare na licu mjesta strijeljati.

Deset dana kasnije izdao je novu naredbu:

- Vi morate pribjeći i represalijama protiv četnika. Morate paliti izvjesne kuće okorjelih zlikovaca i razbojnika, a obavezno sve kuće četničkih vođa i kolovođa. Sva njihova imanja treba konfiskovati.

Četiri dana kasnije, 14. marta 1942, Tito je Crnogorcima propisao i kako treba postupati sa imovinom četničkih porodica:

- Sve treba konfiskovati, ostavljajući samo minimum njihovoj porodici. Isto tako, treba popaliti i kuće glavnih kolovođa...

ČETNICI PRELAZE U PARTIZANE NEKE zločine, koji su tad počinjeni u Hercegovini, osudili su i pojedini hercegovački četnici, a bilo je i slučajeva da su neki od njih zbog toga napuštali četnike i prelazili na partizansku stranu. To se 1942. desilo u okolini Prozora, kada su hrvatske i muslimanske ustaše povodom rođendana Ante Pavelića, zaklale 1.000, a gasom ugušile 1.200 srpske dece, na šta su četnici reagovali ubijanjem oko 2.000 hrvatskih i muslimanskih civila u ovom kraju.

Početkom aprila te 1942. Tito je od svojih crnogorskih pristalica zahtevao da formiraju "lake čete od oko 40 partizana i laka odeljenja", a njihov zadatak je ovako formulisao:

- Zadatak je takvih odeljenja ubijanje bandita (četnika), paljenje njihovih kuća, zaplenjivanje stoke i ostalih životnih namirnica banditskim porodicama...

Dan kasnije, 7. aprila 1942, Tito je širio građanski rat i u Hrvatskoj, tražeći da njegovim borcima u kvislinškoj NDH četnici, a ne ustaše i Nemci budu glavni neprijatelji:

- Četnike likvidirati na cijelom području vašeg štaba. Tek kada likvidirate te bande moći ćete uspješnije povesti borbu protiv okupatora.

Već od prvih vesti o velikim zločinima hrvatskih i muslimanskih ustaša nad Srbima u Bosni i Hercegovini i Hrvatskoj, četnički komandanti u ovim delovima Jugoslavije dali su sebi za pravo da vrše kolektivne odmazde prema hrvatskom i muslimanskom stanovništvu:

- Četnici na pokušaj muslimana i katolika da istrebe Srbe iz Bosne i Hercegovine odgovaraju sada istom merom prema njima, u želji da se Bosna jednom zasvagda etnografski i verski što potpunije očisti radi mirnijeg života budućih pokolenja. Neka ih četnici istrebljuju gde ih stignu pred sobom, ne u pozadini - stoji u jednom dokumentu četničke komande istočne Bosne.

Petar Baćović, hercegovački četnički vođa, podrobno je opisao i tok operacije na Foču i zločine koji su tad počinjeni:

- Kada su trupe crnogorske prvi put oslobodile Foču, po zahtevu italijanskom morale su da napuste Foču. Italijanski generali su rekli da se to čini po zahtevu Nemaca... Kasnije nam je jedan italijanski pukovnik saopštio da će napad na Foču smatrati napadom na sebe i da će Foču zajedno s Hrvatima da brane.

- Bili smo u vrlo teškoj situaciji... Počeli smo politički pripremati teren kod Italijana, dostavljajući im preko njihovog oficira u Kalinoviku izveštaj o stalnim pokoljima našeg stanovništva od ustaša. Paralelno smo uhvatili kurire i dokumente o vezi hrvatskih oficira s komunistima koje smo predali u ruke italijanskoj vojsci, a posredno o tome obavestili i Nemce.

- Konačno je uspelo italijanskom generalu koga smo pridobili i drugim metodama sugerisati da se pravi nevešt na tu našu akciju. Nažalost, iako je izdato naređenje da se ne diraju žene i djeca, jedan deo trupa nije to slušao, pa je oko 300 žena i dece platilo glavom. Strahujemo od represalija za naše stanovništvo na hrvatsko-nemačkoj zoni istočne Bosne.

- Ovaj čas smo dobili izveštaj iz Presnice u srezu sarajevskom da su ustaše bežeći iz Foče poklali 22 žene i deteta u tom kraju. Italijanski delegati koji su posetili Foču utvrdili su komisijski da su ustaše poubijale oko 100 srpskih žena i dece, da naša vojska nije činila nikakva nasilja, i sve je to Italijanima pismeno potvrdio zarobljeni hrvatski žandarmerijski poručnik Štimac.

Posle osvajanja Foče, Baćović je krenuo prema zapadnoj Hercegovini i Dalmaciji. Hvalio se da je iza sebe ostavio pustoš:

- U operacijama oko Bugojna uspeo sam da zaštitim muslimanski živalj. Pošto je ovo mesto poznato ustaško mesto i iz ovih krajeva regrutovane su ustaše koje su prošle godine izvršile pokolj srpskog življa u Hercegovini, nisam bio u mogućnosti da sprečim naše četnike, koji su većinom bili Hercegovci, da izvrše odmazdu i pokolj katolika-ustaša. U ovim operacijama poklato je i ubijeno 2.500 Hrvata. Žene i deca nisu ubijana...

- Kod Makarske izbili na more. Sedamnaest ustaških sela spaljeno. Devet stotina ustaša ubijeno. Nekoliko katoličkih sveštenika živo odrano. Prvi put od sloma (1941) poboli srpsku zastavu u more i klicali kralju i Draži Mihailoviću.

General Mihailović je u to vreme već uveliko sumnjao u tačnost izveštaja svojih komandanata, pa im je uputio strogo poverljivu naredbu:

- U toku dosadašnjeg rada zapažene su kod pojedinih starešina izvesne pojave koje jasno dokazuju da ove starešine produžavaju starim putem kojim se ne postižu veliki i sveti ciljevi za koje se borimo:

- Tako je bilo: 1) Netačnih i lažnih izveštaja, na osnovu kojih Vrhovna komanda ne može donositi pravilne zaključke za svoj dalji pravilan rad; 2) Samovoljnih postupaka i maltretiranja vojnika, pa čak i ubistava, što samo šteti našem pokretu...

Mihailović je naredio da se "ove pojave uguše u korenu", da svi pripadnici njegove vojske moraju biti svesni da više ne predstavljaju narodnu nego redovnu Jugoslovensku vojsku u otadžbini i da će svi koji se ogreše o ovu naredbu dobiti "zasluženu kaznu".

Najstrože je zabranjivao bahat odnos prema seljacima, opijanje, kockanje, nemoralan i luksuzan život.