KADA je Apis konačno uhapšen i priveden 27. decembra 1916. bio je optužen da je tobože planirao pobunu i prelaz sa delom vojske na stranu neprijatelja. Sve je to izjavama dvojice svojih službenika "potkrepio" ministar Jovanović. Dakle, zatvoren je kao - izdajnik. No kako su prilikom njegovog hapšenja nađeni spiskovi članova i statut organizacije "Ujedinjenje ili smrt" iz 1911, interpretacijom njegovog sadržaja, može se reći van konteksta i potpuno izvrnutom, nova inkriminacija je glasila - pobuna sa ciljem rušenja ustavnog poretka. Za ciljeve organizacije znalo se i 1911, znalo se da je ona bila okrenuta aktivnostima prema vani, a ne rušenju poretka u zemlji. Optužba je postupila kao da je organizacija "zlih namera" osnovana, tek tamo u emigraciji, na frontu. Dakle, Apis i drugovi se optužuju za pripremu prevrata. Ovo je svakako moglo povezati sve članove organizacije sa Apisom, ali bi tužba teško odgovorila na prigovor odbrane da je organizacija bila poznata i podržana i od samog prestolonaslednika. Organizatori u toku već započetog procesa ponovo menjaju "temu zločina" i vraćaju se ideji atentata na prestolonaslednika.

BILO je grotesknih momenata prilikom utvrđivanja dana atentata kako bi svi "akteri" bili na mestu "zločina". Ovde je knjiga Milana Živanovića zaista pravi izvor podataka koji demaskiraju organiziciju nameštanja dokaza. Uzmimo samo za primer da je u jednom trenutku istrage nad već pripremljenim svedokom sve bilo skoro propalo na prostom pitanju da li je prestolonaslednikov automobil išao ka Ostrovu ili od Ostrova. Pripremljeni svedok nije umeo da odgovori na ovo najprostije ali važno pitanje zbog utvrđivanja vremena.

Uz pomoć jedinog i pripremljenog svedoka Temeljka Veljanovića, koji se nalazio u zatvoru i odgovarao za ubistvo, optužuje se kao atentator Rade Malobabić, tada baraker u štabu Treće armije kod pukovnika Dimitrijevića. Apisa je onda lako bilo povezati sa Malobabićem, njegovim obaveštajcem za teritoriju Austrougarske. Policija Protićeva hapsila je Malobabića uoči rata pod sumnjom da je dvostruki špijun. Apis ga je jedva pronašao tokom sloma 1915. i zaštitio. Pokušao je da ga zaštiti još jednom na Solunskom procesu, tvrdeći u svom tajnom raportu sudu da je Rade Malobabić bio po njegovom nalogu organizator Sarajevskog atentata, a njegovi izvršioci saradnici koje je on držao na malom honoraru. To je po Apisu bila odbrana i drugog optuženog Muhameda Mehmedbašića. Kako da srpski sud izvrši presudu austrijskog suda u Sarajevu sugerisao je Apis u raportu.

APISU je tokom uskršnjeg prekida procesa sugerisano da razmisli da li da se taj raport raspravlja na sudu. Apis iz patriotskih razloga odustaje da ne bi pravio probleme vladi, ali time gubi simpatije u patriotskoj javnosti kako se cenilo jer je taj atentat tada viđen i kao delo otpora i borbe za oslobođenje. Kako je Apis odustao da se to na sudu raspravlja, time je zauvek bila izgubljena mogućnost da se već tada utvrdi autentičnost tvrdnje kroz unakrsna ispitivanja. Istoričari će kasnije analizom njegovih tvrdnji i konteksta utvrditi da njegove izjave ne mogu da stoje. Njegova tvrdnja, na primer da je Malobabić organizator i izvršilac atentata, a da su mladići dobijali od njega mali honorar, "jer su glavni učesnici bili u mojoj službi", potpuno je upitna. Nije tačna tvrdnja da je Malobabić bio taj koji je preneo za atentat bombe, revolvere i municiju. Apis je za potrebe službe i Malobabića nabavio četiri revolvera "Nagan", o čemu je nađena potvrda o kupovini i o kojoj se on izjašnjavao u prethodnoj istrazi. O četiri revolvera je govorio i u raportu ministru i vladi pre atentata u Sarajevu. O bombama nije bilo ni reči.

ATENTATORI NISU HTELI DA ODUSTANU POVODOM stote godišnjice od početka Prvog svetskog rata, nekoliko eminentnih istoričara postavilo je prosto, ali suštinski važno pitanje, da li bi, da je Apis zaista organizator atentata i da je želeo da to uspe, pre poslao proverene borce iz ratova kao atentatore, a ne grupu nespretnih đaka koji su tek uzeli oružje u ruke te ispucali nekoliko metaka. Ostaje i drugo "prosto" pitanje, zbog čega se najčešće prećutkuje ili preskače činjenica da je Apis, kada je promislio o svim mogućim posledicama olako date saglasnosti Tankosiću, poslao Đuru Šarca da spreči izvršenje plana mladobosanaca. On se s njima sastajao ali ih nije ubedio. Atentatori su dobili poruku, ali nisu hteli da odustanu, posebno Gavrilo Princip.

ATENTAT je izvršen malim revolverima tipa "Broving". Oružje su preneli sami atentatori. Zaista, prenos tog Apisovog oružja za potrebe obaveštajne službe naslutili su srpski policijski organi i tako je započela istraga. Datumski sve to je bilo posle prelaska atentatora. Kada su neki od tih srpskih policijskih dokumenata došli u posed austrougarskih organa 1914. samo su doveli u zabunu tužilaštvo u Sarajevu "jer se tu nešto ne poklapa", kako je pisao Pfefer. Apisova tvrdnja o honorarima koje je slao preko Malobabića, za koje je pare davao i ruski vojni ataše Artamanov, tek je mogla zapetljati istragu. Mada Apis kaže da Artamanov nije bio upoznat sa planom atentata, već samo pitan da li bi Rusija zaštitila Srbiju ako dođe do rata sa Austrougarskom, uvodilo je još jedan elemenat u celu priču. U raportu se kaže da su neke potvrde o isplatama u rukama Artamanova. O ovome je sam general davao svoje izjave (tekstove) između dva rata odgovarajući na teze nemačko-austrijskih revizionista.

U PRETHODNOJ istrazi 23. januara (5. februara po novom) 1917, dva meseca pre njegovog čuvenog raporta, pukovniku Apisu je postavljeno pitanje: "Otkud vam fotografije na kojoj su slikani Princip, Ciganović i Čabrinović? Otkuda vam vizitkarta Čabrinovića, u kakvim ste vezama bili sa tim licima?" Pukovnik je na to pitanje odgovorio: "I fotografiju tih lica i vizitkartu Čabrinovića dobio sam od pok. majora Voje Tankosića, kada sam mu kazao da to dvoje dobro čuva, ili, ako mu to nije dragoceno, da meni da na čuvanje. Nikakve veze tada nisam imao ni sa Principom, ni sa Ciganovićem ni sa Čabrinovićem. Tu fotografiju i vizitkartu dobio sam od Tankosića posle Sarajevskog atentata." Pitanje bi bilo izlišno da su vlada i službeni organi imali saznanja o atentatu pre njegovog izvršenja. Sam Apisov odgovor bi odgovarao njegovim ranijim izjavama najbližim drugovima, odnosno iskazima samih atentatora u toku prethodne istrage i Sarajevskog procesa. Treba skrenuti pažnju da je i sama čuvena fotografija postala kontroverzna. Koristeći ovo svedočenje, istoričari revizionisti su posle rata (i njihovi nastavljači danas) identifikovali središnji lik kao Ciganovića, međutim, na fotografiji u jugoslovenskim izdanjima navodi se da je reč o Đuri Šarcu, Trifku Grabežu i Principu. Ostaje pitanje zašto Apis nije ispravio istražitelja ako se radi o istoj fotografiji.