ЗАКОНОМ о Српској православној цркви из 1929. године и Уставом Српске православне цркве из 1931. године били су регулисани односи између Цркве и државе. Чланом 278. Устава Српске православне цркве као главни државни орган који је спона између Цркве и државе било је означено Министарство правде.

С обзиром на такво тадашње решење, по проглашењу Устава Српске православне цркве, при Министарству правде образован је посебан верски одсек, који се бавио свим начелним питањима и пословима који се тичу односа Цркве и државе, сем просветних послова који су спадали у надлежност Министарства просвете.

МЕЂУТИМ, при крају прве ратне (1941) године, на захтев окупационих власти, како је званично саопштено Светом архијерејском синоду, одступило се од такве законске одредбе, па су послови верске управе из Министарства правде пренети у Министарство просвете, под образложењем да је то "у интересу јединственог уређења свих културних питања".

На крају рата, одлуком Председништва Авноја од 13. фебруара 1945. године (Службени лист ДФЈ, бр. 4) укинути су сви правни прописи донети од стране окупатора и његових помагача. Тако је Црква остала без сигурне адресе на коју може да се обрати ради регулисања односа са државом.

Из тог разлога, Свети архијерејски синод, у марту 1945. године, Председништву Владе ДФЈ упућује допис којим моли да се при Министарству правде образује верски одсек, који ће, као и раније, руководити пословима верске управе.

ИЗ ВЛАДЕ ("по овлашћењу председника Министарског савета") стигао је одговор да "ово питање може бити решено тек када се реши начелно питање: какав ће бити однос цркве и државе у Демократској Федеративној Југославији". Затим се каже да би решење само појединачних питања из те области могло бити "незгодно", јер би се "пре заузимања једног принципијелног става могла донети различита решења по питањима која су истог карактера". И још се напомиње, да у том погледу, "не може бити одлучујуће позивање на то какав је био однос цркве и државе пре рата".

Држава је сада имала свој, другачији план. Да би нове комунистичке власти имале што бољи увид и контролу над верским заједницама, Председништво Министарског савета ДФЈ донело је Уредбу о оснивању Државне комисије за верска питања. Уредба је објављена у Службеном листу ДФЈ, бр. 62, од 21. августа 1945. године. У потпису, председник Министарског савета и министар народне одбране, маршал Југославије Јосип Броз - Тито, ср.

У ЧЛАНУ 1. ове уредбе наведено је да у делокруг Државне комисије спада: "проучавање свих питања која се тичу спољашњег живота верских заједница, њихових међуверских односа и положаја цркава према држави и народним властима, као и припремање материјала за законодавно решавање односа између верских заједница и државе; давање мишљења и предлога по свим конкретним питањима из односа верских заједница и државе, до коначног регулисања тих односа путем законодавства; старање о спровођењу у живот и правилној примени свих законских прописа, који се односе на уређење међуверских односа и односа цркве и државе".

Овом уредбом се установљава да се при председништвима земаљских влада формирају земаљске комисије за верска питања, које ће радити по упутствима Државне комисије.

Државна комисија за верска питања за свој рад била је директно одговорна самом оснивачу - Председништву, односно председнику Министарског савета Јосипу Брозу Титу. Касније она је била под ингеренцијом Савезног извршног већа (СИВ).

ДОНОШЕЊЕМ Закона о правном положају верских заједница 1953. године, донета је нова Уредба о Савезној комисији за верска питања; она је постала, пре свега, политичко-саветодавни орган СИВ-а за послове односа државе и "верских заједница". У делокруг њених послова спадало је: проучавање питања која се тичу уређења односа између државе и Цркве и припрема материјала за законско регулисање тих односа, давање мишљења и предлога по конкретним питањима из области односа државе и Цркве, сарадња са осталим државним органима око правилног спровођења Закона о правном положају верских заједница и слично.

Преко Верске комисије будно се пратио рад цркава и верских заједница. А највише пажње посвећивано је Српској православној цркви.

У Црној Гори, при Председништву ЦАСНО-а (Црногорске антифашистичке скупштине народног ослобођења), још крајем 1944. године основана је Верска комисија. Остало је записано да је она 31. јануара 1945. године, "у духу народних потреба", постављала и премештала свештенике у Црној Гори. На позив Верске комисије, на свештеничкој скупштини у Никшићу 14. и 15. јуна 1945. године, основано је свештеничко удружење. А управо од тог удружења, по завршетку Другог светског рата, долазиле су највеће сметње обнови црквеног живота у Црној Гори.

УСЛЕД таквог односа према Цркви, крајем те 1945. године, Свети архијерејски синод затражио је од Председништва Савезне владе да се у Црној Гори спречи и онемогући непозвано уплитање Верске комисије у делокруг законитих црквених власти и да се овима на тај начин омогући редован и законити рад.

Уставом ФНРЈ од 31. јануара 1946. године дефинисани су нови односи у друштву, поред осталог, тиме што је Црква одвојена од државе и што је формално грађанима зајемчена слобода савести и вероисповести.

Међутим, и пре као и после доношења Устава ФНРЈ, Светом архијерејском синоду готово свакодневно су стизала многобројна документа, из којих се види да је Српска црква стављена на Крст распећа. Зато, Свети архијерејски синод готово са сваке седнице упућује писмене захтеве Државној комисији за верска питања за заштиту својих права. Али, Црква је упућивана да своје примедбе и захтеве упућује преко Верске комисије.

ВЕРСКА комисија је била адреса на коју се Црква обраћала са свим својим захтевима, предлозима и обавештавањима према држави. А онда је Верска комисија, ако није сама "решавала" и ако је налазила за сходно, то прослеђивала надлежним државним органима. Посредством Верске комисије "каналисани" су односи и у самој Цркви; јер, бар у почетку, нису примани акти уколико нису били потписани од патријарха. На тај начин, с државне стране, истицан је ауторитет патријарха. И то је, с њене стране, имало свој смисао, јер је држава, у то комунистичко доба, директно утицала на избор двојице патријараха (Викентија и Германа).

И поред тога, многе представке из Цркве упућене на државну адресу остале су прећутане. Стручњак за црквено право Димшо Перић, дефинишући улогу Верске комисије, рекао је да је она била "полиција над СПЦ".