ЦРКВА је очекивала да ће, по ослобађању земље од окупације, моћи слободно и несметано да обавља своју вековну службу и мисију и да крене у санирање тешких последица ратног страдања. Зато, по ослобођењу Београда и источних делова земље, а пошто је текло ослобађање и других крајева, Свети архијерејски синод 31. октобра 1944. издаје акт са упутствима свештенству из ослобођених крајева. Позвани су сви архијереји и све свештенство, са верним народом, који су избегли у Србију, да се враћају у своја седишта, парохије и села, и то одмах "чим се који крај буде ослободио, чим се успостави саобраћај и створе друге подесне могућности".

И кроз овај акт Синод одаје признање ослободиоцима и позива свештенство и верни народ да се свом снагом укључи у обнову земље. У акту се, поред осталог, каже: "Клањајући се свима побијеним и намученим невиним жртвама, као и жртвама јуначких бораца братског руског народа и наших јунака родољуба, који падоше у борби, радујмо се победи часног крста и слободи златној. Враћајмо се на наша стара огњишта и приступимо најискреније и најверније раду на обнови земље и народног благостања..."

МЕЂУТИМ, веома брзо се показало да очекивања Цркве нису у сагласју с намерама нових државних власти. Видеће се то и по једном допису, одговору на захтев из Цркве да се омогући повратак свештеника на раније парохије у Војводини. У том акту, који је 18. новембра 1944. упућен Светом архијерејском синоду, с потписом повереника унутрашњих послова, тада пуковника а раније свештеника, Владе Зечевића, се каже: "Свештенослужитељи, које намеравате вратити на њихове раније парохије и дужности, или другим црквеним - службеним послом путују, треба претходно да се јаве Пријавном одсеку Команде града Београда, да добију дозволе за одлазак." У допису се напомиње да "право путовања и потпоре власти неће моћи добити и уживати лица која су се, било службом у Србији или у Војводини - огрешила о интересе народа".

А државне власти су те које ће проценити да ли се неко огрешио и како се огрешио "о интересе народа".

НАРЕДБА Светог архијерејског синода од 31. октобра 1944. године о враћању архијереја и свештеника на ослобођена подручја наилазила је на препреке и на ометања, па Синод 19. марта 1945. пише Председништву Владе ДФЈ: "У многим местима Македоније, Босне, Херцеговине и Далмације па и Црне Горе наша православна паства је без свештеника и Свети архијерејски синод није у могућности да изађе у сусрет молбама и духовним потребама својих верних. У крајеве Босне, Херцеговине и Далмације, па и Црне Горе не може се отићи због тешкоћа саобраћаја. Одлазак, пак, и останак у Македонији, како архијерејима, тако свештенству, па и народу не одобравају, забрањују или отежавају тамошње надлежне власти..."

Тог дана Свети архијерејски синод упутио је писмо Председништву Владе ДФЈ, с намером да утиче на смиривање прилика у друштву, односно да нове власти не наступају осветнички према онима које доживљавају као политичке противнике.

У ЈЕДНОМ писму скреће се пажња на тај обрачун, па се каже: "Но, док рат захтева своје жртве, код нас на ослобођеној територији падају и даље главе као последица одмазде и над онима који или се нису снашли у општој помутњи и извршили своју грађанску дужност у пуној мери или никако, или је због опште пометње и окрутних стега окупаторских нису били кадри да изврше. Међу овима је и знатан број сиротиње, која је остала без икаквог правог вођства и која се у том метежу вијала и сналазила утолико да сачува го живот, а која у души својој није изгубила ону праву веру у велику будућност српскога народа..."

У другом писму Синод пише да су Српској цркви "увек тешко падале све немиле појаве у нашем народу, а нарочито међусобно гложење, међусобно истребљење, крвопролиће и прогањање". Зато је нада да по завршетку рата може доћи до престанка братских размимоилажења, обнављања братске слоге, престанка проливања братске крви и међусобног, штетног неправичног прогона појачана доношењем одлуке о амнестији.

МЕЂУТИМ, Синод је дошао до сазнања да "одлуку о амнестији поједини државни органи на разне начине у извесним случајевима тумаче и сувише оштро примењују". Из тог разлога "црквена влада" моли Председништво Владе ДФЈ за интервенцију да све власти "у свим случајевима поступања и суђења поступају благоразумно, испитују и суде у духу мирољубивости и потпуно испуне одлуку о амнестији".

Црква јесте прихватила нову реалност, али је наставила да показује и извесне резерве према новој државној власти.

За време рата изведена је - револуција. Дошло је до успостављања новог државног поретка и нове државне организације. На Другом заседању АВНОЈ-а у Јајцу, 29. новембра 1943. године, ово веће се конституисало у "врховно законодавно и извршно представничко тело Југославије, као врховни представник суверенитета народа и државе Југославије" и успоставило "Национални комитет ослобођења Југославије (НКОЈ) као орган, са свим обележјима народне владе, преко којега ће Антифашистичко веће народног ослобођења Југославије остварити своју извршну функцију". Истовремено, донета је одлука да се Влади која се налазила у избеглиштву одузму сва права да представља народе Југославије.

СТАВ Светог архијерејског синода СПЦ био је да је Декларација АВНОЈ-а донета у Јајцу "једностран правни акт који међународно није признат", па је сматрао да су облик државног уређења и суверена власт државе и даље онакви какви су били и пре рата. Такође, с обзиром на то да није никаквим правним актом промењен дотадашњи правни однос СПЦ и државе, Синод је "сматрао да и нова државна власт стоји према Српској православној цркви у истим оним обавезама, зато је тражио од државе да она "све обавезе према Цркви и извршава".

Међутим, нова држава одбијала је да призна обавезе старе државе према Цркви.

У ИЗВЕШТАЈУ за прво редовно послератно заседање Светог архијерејског сабора, Синод са жаљењем констатује да је Црква од почетка, од нових државних власти, сматрана као противник новог поретка и тековина народноослободилачке борбе, па се "чинило све и сва, да се њезин утицај на јавни живот потпуно искључи и политички онемогући".

Првих поратних година настојало се да се Црква искористи у политичке сврхе. Тако су јереј Милан Смиљанић, који је постављен за министра пољопривреде Србије, и бивши бан Добрица Матковић наговарали митрополита Јосифа да се прими чланства у Краљевском намесништву. Хтело се да се Црква, са својим угледом, искористи за утемељење комунистичког режима и за његово међународно признање.